有限会社の事業承継・清算方法は？特例有限会社との違いや税制を解説

「有限会社の事業承継の方法は？」

「相続税や贈与税を節税できる？」

有限会社の将来には、「事業承継」と「清算」という2つの選択肢があります。

後継者がいる場合は事業承継、いない場合は清算を含めて早めに方向性を決めることが必要です。

例えば、事業を引き継ぐ場合は、株式や出資持分の整理に加え、事業承継税制を活用することで相続税・贈与税の負担を抑えることが可能です。

一方、後継者がいない場合は、無理に継続するのではなく、計画的に清算を行うことで、経営者としての責任を果たしながら円満な引退を実現できます。

本記事では、有限会社の事業承継と清算の方法、特例有限会社ならではの注意点、活用できる税制について分かりやすく解説します。

有限会社の事業承継とは

有限会社の事業承継とは、会社の事業や経営権を、親族や従業員、第三者へ円滑に引き継ぐことを指します。

有限会社は、2006年の会社法施行により有限会社法が廃止され、新規設立ができなくなりました。

現在存続している有限会社は「特例有限会社」として存続しており、経営者の引退に備えて、事業とともに出資持分の承継を含めた準備が欠かせません。

有限会社には株式が存在しないため、事業承継では、親族や後継者へ出資持分を移転する方法が一般的です。

例えば、有限会社の事業承継では、以下のような方法が選択されます。

自社の状況に合った承継方法を早めに検討し、計画的に準備を進めましょう。

事業承継前に知っておきたい｜有限会社と特例有限会社の違い

有限会社と特例有限会社の違いは、会社法上の位置づけと株式の取扱いにあります。

旧有限会社は株式を発行できませんでしたが、特例有限会社は株式会社として扱われるため株式の発行が可能になっています。

項目	旧有限会社	特例有限会社
株式発行	不可	可能
出資者の呼称	社員	株主
最高意思決定機関	社員総会	株主総会
法的位置づけ	有限会社法に基づく	会社法上の株式会社

つまり、特例有限会社は「有限会社」という名称を残しながらも、実質的には株式会社の性質を持つ会社形態となっています。

一方で役員任期がない、決算公告義務がないなど、旧有限会社の特性も一部引き継いでいます。

特例有限会社は株式会社に近い性質を持つ

特例有限会社は、現在の法律において「株式会社」の一種として位置づけられており、その性質は株式会社に非常に近いと言えます。

かつての有限会社は、2006年の会社法施行によって、制度上は株式会社の枠組みの中へ統合されました。

そのため、現在は名称に「有限」と付いていても、基本的には株式会社と同じ法律のルールが適用される仕組みになっています。

共通点として、万が一の際に出資した範囲までしか責任を負わない「有限責任」であることや、株式を発行できる点が挙げられます。

一方で、役員の任期に制限がないことや、決算内容を公表する「決算公告」の義務がないといった、従来の有限会社が持っていた運営上のメリットはそのまま維持されています。

特例有限会社における事業承継の手法

特例有限会社の事業承継では、会社形態に応じた正しい承継手続きの理解が欠かせません。

出資持分や株式の引き継ぎに加え、役員変更などの法的手続きを行う必要があります。

以下では、特例有限会社における代表的な事業承継の手法を分かりやすく解説します。

出資持分を有する有限会社の事業承継

出資持分を有する有限会社の事業承継は、出資持分の承継と役員変更の両方を行ってはじめて完了します。

手続き内容	詳細
出資持分の承継	相続・贈与・譲渡で名義変更
社員総会の開催	役員選任決議が必要
役員変更登記	法務局で登記手続き

特例有限会社では、株式ではなく「出資持分」が社員の権利を表します。

そのため、単に経営を引き継ぐ意思があっても、出資持分の名義を変更しなければ会社の支配権は移りません。

さらに、出資持分の承継だけでは代表権は移らず、役員選任の手続きも必要になります。

例えば、親から子へ事業承継する場合、まず贈与や相続により出資持分の名義を書き換えます。

その後、社員総会を開催し、後継者を取締役に選任します。

上記を怠ると、実態は後継者が経営していても、法的には承継が完了していない状態になります。

出資持分と役員の両方を引き継ぐことが、有限会社の事業承継では重要です。

相続時には出資持分の価値算定が必要

出資持分を相続や贈与で承継する場合、相続税・贈与税の計算のために出資持分の価値算定が必要になります。

特例有限会社の出資持分は市場価格がなく、会社の純資産や収益状況などをもとに評価されます。

そのため、黒字経営や不動産を多く保有している会社では、想定以上に評価額が高くなるケースもあります。

事前に評価を行わず相続が発生すると、税負担が大きくなり、納税資金の確保に苦労するおそれがあります。

円滑な事業承継のためには、早めに出資持分の評価額を把握し、承継方法を検討しておくことが重要です。

株式を発行している有限会社における事業承継

株式を発行している特例有限会社の事業承継は、譲渡制限株式の仕組みを理解し、株式の移転方法を整理することが重要です。

特例有限会社が発行する株式は、原則として譲渡制限株式です。

株式を後継者へ引き継ぐには、株主総会（社員総会）での承認が必要になります。

上記を知らずに進めると、名義変更ができず承継が滞る原因になります。

株式を発行している有限会社で用いられる主な承継手法は、以下です。

承継手法	内容	注意点
株式譲渡	現経営者の株式を後継者へ譲渡	株主総会の承認が必要
相続	株式を相続人が取得	定款で承認手続きの確認が必要
贈与	生前に後継者へ株式を移転	贈与税の負担に注意

例えば、親族内承継では株式譲渡や贈与が選ばれることが多く、株主が少ないため、株主総会の招集や承認手続きの負担は限定的です。

株式は後継者に集中させるのが一般的

特例有限会社の事業承継では、株式を後継者一人に集中させる形が一般的です。
その理由は、株式が分散すると議決権も分散し、経営判断がスムーズに行えなくなる可能性があるためです。

特に親族内承継では、相続人全員に株式を分けるケースも見られますが、株主総会（社員総会）で意見がまとまらず、意思決定が遅れる原因になることがあります。

後継者以外の相続人に対しては、「現金・不動産・生命保険金」などを活用し、株式以外の資産で調整する方法を検討すると、経営の安定と相続人間の公平性を両立しやすくなります。

事業を円滑に引き継ぐためにも、「誰が経営権を持つのか」を明確にしたうえで、株式の配分を設計することが重要です。

有限会社の事業承継で「事業承継税制」を活用する方法

有限会社の事業承継では、「事業承継税制」を活用することで、後継者が負担する相続税・贈与税を大幅に軽減できます。

項目	内容
対象会社	中小企業の有限会社
対象財産	非上場株式等（株式／出資持分）
税の種類	相続税・贈与税
効果	相続税・贈与税の納税猶予（要件を満たすと免除）
手続き	都道府県認定＋税務署申告

例えば、先代経営者から後継者へ出資持分を贈与する場合でも、事業承継税制を適用すれば、税金の納付が猶予され、一定要件を満たせば免除されます。

有限会社では「出資持分」が対象となり、都道府県への認定申請と税務署への届出が必要です。

有限会社でも事業承継税制は活用でき、税負担を抑えた円滑な事業承継が可能です。

参考：事業承継税制特集｜中小企業庁

相続税の納税猶予が適用される条件

有限会社の事業承継において、相続税の負担を大幅に軽減するためには「事業承継税制」の納税猶予制度を活用することが重要です。

多額の現金を納税に回す必要がなくなるため、事業の継続に資金を充てられる大きなメリットがあります。

相続税の納税猶予が適用される条件は、以下の通りです。

区分	適用条件
対象会社	中小企業基本法上の「中小企業」であり、資産管理会社に該当しない必要があります。
先代経営者	会社の代表権を有していた実績があり、親族等で議決権の50％超を保有している必要があります。
後継者	相続開始直前に役員であり、相続後に代表権を得て筆頭株主となる必要があります。

例えば、長年経営してきた有限会社の株式を息子が継ぐ場合、事前に「特例承継計画」を都道府県に提出しておく準備が欠かせません。

受理されていれば、本来なら数百万円から数千万円かかる税金の支払いを将来にわたって先送りにできます。

贈与税の納税猶予が適用される条件

「事業承継税制」を活用すれば、後継者が引き継いだ株式にかかる贈与税の全額が猶予され、納税資金を心配せずに事業を継続できます。

将来的に一定の要件を維持し続ければ、猶予された税金が完全に免除される場合もあります。

贈与税の納税猶予を受けるための主な条件は、以下です。

区分	主な適用条件
対象会社	中小企業基本法上の「中小企業」であり、上場していない必要があります。また、資産管理会社に該当しないことも条件です。
先代経営者	過去に代表権を有しており、贈与直前に親族等で議決権の50％超を保有し、かつ筆頭株主である必要があります。
後継者	贈与時に18歳以上で、贈与直前に3年以上役員を務めていなければなりません。贈与後は代表者に就任する必要があります。

例えば、父親から息子へ有限会社の経営をバトンタッチする場合、息子は贈与を受ける前に少なくとも3年間は役員として経営に携わっている実態が求められます。

さらに、贈与を受けた後は息子が会社の代表取締役となり、筆頭株主として責任を持って経営を担うことが必須となります。

有限会社で後継者がいない場合「清算」も選択肢になる

経営者の高齢化が進む中で無理に事業を継続すると、将来的に債務超過に陥ったり、周囲に多大な迷惑をかけたりするリスクが高まります。

適切な清算手続きを行うことで、法的に会社を消滅させ、経営者としての重い責任からようやく解放されるのです。

例えば、会社に現預金が残っているうちに自主的な「通常清算」を選べば、従業員の再就職支援や取引先への挨拶を丁寧に行う余裕が生まれます。

最終的に残った資産は株主へと分配されるため、ご自身の引退後の生活資金として有効に活用できる点も大きなメリットといえます。

会社の清算については、以下の記事で詳しく解説していますので参考にしてください。

有限会社が清算する際の手続きの流れ

有限会社を清算する場合は、解散決議から清算結了登記まで、決められた順序で手続きを進める必要があります。

有限会社の清算手続きの流れは、以下です。

項目	手続きの内容	ポイント
1. 解散決議と清算人の選任	株主総会の特別決議で解散を決定し、実務を担う清算人を選任します。	通常は代表取締役がそのまま清算人に就任することが多いです。
2. 解散・清算人の登記	解散した日から2週間以内に、法務局で解散と清算人の登記を行います。	この登記によって、会社は営業活動を目的としない清算会社となります。
3. 債権者への公告・通知	官報に解散公告を掲載し、知れている債権者には個別に連絡をします。	2ヶ月以上の期間を設け、債権の申し出を促す必要があります。
4. 財産目録・貸借対照表の作成	解散時の資産と負債を調査して書類を作成し、株主総会の承認を受けます。	会社の財産状態を正確に確定させる重要な工程です。
5. 債務の弁済と残余財産の分配	負債をすべて支払い、残った財産を株主の持分に応じて分配します。	債務を完済できない場合は、通常の清算ではなく倒産手続きが必要です。
6. 清算結了の承認と登記	清算事務が終わったら決算報告書を作成し、株主総会で承認を受けます。	最後に清算結了の登記を行うことで、法人が完全に消滅します。

解散決議後に清算人を選任し、官報で公告を行ったうえで借入金や未払い費用を支払い、残った財産を整理した後、清算結了登記を行うことで手続きは完了します。

このように、法的な手順を一つずつ着実にこなすことで、経営者としての責任を全うして引退を迎えられます。

清算に要する費用と期間の目安

有限会社を清算する場合、費用は約10万円から50万円、期間はおおむね3か月〜6か月が目安になります。

法務局へ支払う登録免許税や官報への掲載料といった「法律で決まった実費」が必ず発生すること、そして債権者への通知期間が会社法で定められていることが理由です。

清算にかかる主な費用の目安は、以下のとおりです。

項目	目安の金額	詳細
登録免許税（解散）	39,000円	解散登記と清算人の選任登記に必要な印紙代となります。
官報公告代	約30,000円〜45,000円	債権者へ知らせるための新聞（官報）への掲載費用です。
登録免許税（結了）	2,000円	すべての清算事務が終わった後の登記費用になります。
専門家への報酬	約10万円〜30万円	司法書士や税理士に依頼する場合に発生する報酬です。

このように、清算には一定の資金と日数が必要になりますので、事業の状況を見極めて計画的に進めることが大切です。

有限会社が事業承継する方法

有限会社が事業承継する方法は以下の通りです。

上記の事業承継方法について解説していきます。

親族内承継

親族内承継とは、経営者が自分の子どもや孫などの親族に会社を引き継ぐ事業承継の手法です。

項目	内容
主な承継先	子ども・配偶者・兄弟姉妹など
手法	相続、贈与、遺言、生前贈与＋事業承継税制の活用など
メリット	価値観を共有しやすく、従業員や取引先も安心しやすい
デメリット	兄弟間の不公平感や遺留分を巡るトラブルが起きやすい

ただし、有限会社（特例有限会社）では株式が親族に分散すると、後継者の議決権が弱まり経営判断に支障が出るおそれがあります。

そのため、早い段階から後継者を決めて教育しつつ、遺言書の作成や事業承継税制の利用、遺留分への配慮を専門家と検討することが重要だといえます。

親族外承継（社内承継）

親族外承継（社内承継）とは、現経営者の親族以外の従業員や役員に会社を引き継ぐ事業承継の手法です。

項目	内容
主な承継先	社内の役員・従業員など
手法	株式譲渡、代表取締役の交代のみ、MBO（経営陣による買収）
メリット	業務に精通した人材を選べる 企業文化を承継しやすい 親族内より選択肢が広い
デメリット	後継者の株式取得資金が必要 従業員間の人間関係に影響が出る可能性がある

社内から後継者を選ぶことで業務内容を熟知した人物が経営を引き継げるため、円滑な承継が可能になります。

また、親族内承継よりも後継者候補の選択肢が多く、適任者を見つけやすいメリットがあります。

ただし、有限会社では後継者が株式や出資持分を取得する資金を用意する必要があるため、専門家と相談しながら株式譲渡やMBOなどの手法を検討する必要があります。

M&A

M&Aによる承継とは、会社の経営権を別の会社や個人に譲渡することで事業を引き継ぐ手法です。

親族や社内に適任者がいない場合でも、外部から最適な承継先を見つけることができます。

項目	内容
主な承継先	他の会社・外部の経営者
手法	株式譲渡、事業譲渡など
メリット	後継者不在でも廃業せずに承継可能 売却によりまとまった資金が得られる 企業理念を引き継いでもらえる
デメリット	経営権を完全に喪失する 従業員の配置転換や労働条件が変わる可能性がある 取引先との関係に影響が生じる場合がある

創業者は株式売却の対価を老後資金などに充てやすく、従業員の雇用や取引関係も維持しやすい点がメリットといえます。

一方で、特例有限会社（現在の有限会社）は全株式が譲渡制限株式であり、株式を第三者に譲渡するには原則として株主総会の承認が必要です。

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有限会社が事業承継する際の注意点

有限会社の事業承継における注意点は下記の3つです。

上記の注意点を見落とすと、承継手続きが遅れたり、親族間トラブルの原因になります。

株式は譲渡制限がある

特例有限会社の株式（出資持分）は原則として譲渡制限があります。ただし株主間の譲渡は承認不要（みなし承認）となることが多く、第三者への譲渡では会社承認が必要です。

有限会社が発行する株式はすべて「譲渡制限株式」であり、第三者が勝手に株式を取得して会社経営に影響を与えることを防ぐ目的があります。

手続きの流れ

手順	内容
1. 譲渡承認請求	譲渡する株式数や譲渡先の情報を記載した請求書を提出する​
2. 株主総会での承認	原則として株主総会の普通決議で承認を得る必要がある​
3. 決定内容の通知	承認・不承認の決定を請求者へ通知します​
4. 株式譲渡の実行	承認後、株式譲渡契約を締結し株主名簿を書き換えます

なお、既存株主間での譲渡の場合は、承認手続きが不要となるケースもあります。

有限会社の事業承継では、すべての株式に譲渡制限があることを理解し、早めに株主総会の承認手続きを進めることが重要です。

複数の親族に株が分散するとトラブルの元になる

有限会社の株式が複数の親族に分散すると、経営の安定や意思決定が困難になるため、後々大きなトラブルにつながります。

株式が分散していると、経営方針や会社の重要事項を決定する株主総会で意見が割れやすくなります。

また、経営に関わらない親族が配当のみを目的として経営に口出しをする場合や、遺産分割協議がまとまらず会社の経営権が不安定になるリスクも高まります。

状態	起こりやすいトラブル
親族が少しずつ株を保有	株主総会で意見が割れ、重要な決議が進まない
経営に関わらない親族も株主	経営方針に口出しされ、後継者の裁量が狭くなる
相続でさらに細かく分散	遺産分割や遺留分をめぐる親族間の争いが長期化

このようなトラブルを避けるには、事前に後継者へ株式を集中させ、他の親族には預貯金や不動産など別の財産で調整する方法が有効です。

無償譲渡でも税金が発生することがある

有限会社（特例有限会社）の事業承継では、「無償で株式を譲れば税金はかからない」と考えてしまいがちですが、これは大きな誤解です。

株式を無償で後継者へ移転した場合、税務上は“贈与”とみなされ、後継者に贈与税が発生する可能性があります。

また、名目上は有償譲渡であっても、実際の譲渡価額が時価より極端に低い場合には、その差額が「みなし贈与」と判断され、贈与税の課税対象となる点にも注意が必要です。

無償や低額での株式移転は、事前の税務確認を怠ると後継者に多額の税負担が発生するリスクがあるため、必ず専門家に相談しながら進めましょう。

無償承継でも贈与税が発生するケースがあります。
知らずに株を渡すと、後継者に多額の税負担が残ります。
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有限会社における事業承継に関する質問集

有限会社における事業承継に関するよくある質問に回答します。

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日本プロ経営者協会は、国内最大級のプロ経営者ネットワークを活用し、中小企業の事業承継や第三者承継（M&A）の課題解決に豊富な実績を持つ組織です。

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日本プロ経営者協会の概要
名称	一般社団法人日本プロ経営者協会
設立日	2019年7月
活動内容	プロ経営者によるセミナーの開催 企業への経営者の紹介 経営者に関する調査・研究 書籍の出版
代表理事	小野 俊法 堀江 大介
所在地	東京都千代田区丸の内1-6-2 新丸の内センタービルディング21階
URL	https://www.proceo.jp/

まとめ

有限会社の事業承継は「親族内承継」「社内承継（役員や従業員への承継）」「M&A」の3つの方法があります。

承継方法や会社の状況により、必要なステップや発生する税金、注意点が異なります。

株式や出資持分の分散によるトラブル回避や税負担軽減、事業承継税制の活用など、準備できることから計画的に取り組むことをおすすめします。

ご自身の会社や状況に合った承継方法を早めに検討し、必要に応じて専門家へ相談しましょう。