事業承継税制のメリット・デメリット｜要件や申請手順をわかりやすく解説

「事業承継税制を活用するメリット・デメリットは？」

「事業承継税制とは何か？」

事業承継税制の最大のメリットは、後継者が承継時に負担する相続税・贈与税の納税を大幅に猶予、または免除できる点にあります。

自社株式を引き継ぐ際の税負担が軽減されることで、資金繰りを圧迫することなく円滑な事業承継が可能になるからです。

実際に、通常であれば多額の相続税が発生するケースでも、一定の要件を満たせば納税猶予が適用され、後継者は経営の安定に集中できます。

ただし、適用には厳格な要件や計画的な申請手順が必要であり、準備不足のまま進めると制度を活用できない恐れもあります。

本記事では、事業承継税制のメリット・デメリットを整理し、適用要件や具体的な申請手順までわかりやすく解説します。

これから事業承継を検討している経営者の方は、ぜひ参考にしてください。

事業承継税制とは？

事業承継税制は、中小企業が事業を次世代に引き継ぐ際の相続税・贈与税の負担を軽減する制度です。

会社の経営が順調だと、自社株式の評価額が想像以上に高額となり、多額の贈与税・相続税が発生することがあります。

後継者にとって重い負担となるため、円滑な事業承継を可能にする制度として設けられました。

事業承継税制は、後継者の税負担を軽減し、スムーズな事業引き継ぎを支援する重要な制度です。

参考：法人版事業承継税制(特例措置) | 中小企業庁

事業承継税制（特例措置）の免除要件

特例措置によって税金の全額猶予や免除を受けるためには、会社・先代経営者・後継者のそれぞれが定められた要件を全て満たす必要があります。

対象会社の要件

項目	内容
会社の種類	非上場の中小企業であること
事業内容	風俗営業会社に該当しないこと
資産管理	資産管理会社に該当しないこと

先代経営者の要件

項目	内容
代表者歴	会社の代表者であったこと
株式保有	同族関係者と合わせて保有株式が50%以上かつ同族内で筆頭株主であったこと
退任条件	贈与時に代表権を有していないこと

後継者の要件

項目	内容
年齢・経験	18歳以上で役員就任後3年以上経過していること（贈与の場合）
代表者就任	会社の代表者であること
株式保有	同族関係者と合わせて保有株式が50%以上かつ同族内で筆頭株主となること

事業継続の要件

項目	内容
事業継続期間	5年間の事業継続
雇用維持	承継時から5年間の平均で、雇用の8割以上を維持
株式保有	贈与・相続した対象株式の継続保有
報告義務	毎年1回、その後3年ごとに届出書や報告書を提出

上記に加えて、都道府県知事へ期限内に「特例承認計画」を提出し、認定を受けるという事務的な手続きも必須となります。

これら一つでも条件から外れてしまうと、特例措置の恩恵を一切受けられなくなります。

そのため、自社が要件に当てはまるかどうかの確認は、早い段階から専門家を交えて慎重に行うことが大切です。

事業承継税制のメリット

事業承継税制のメリットは、以下の通りです。

中小企業の事業承継において、税負担の重さは大きな課題となっています。しかし、事業承継税制を活用することで、これらの負担を大幅に軽減し、円滑な事業の引き継ぎが可能となります。

それでは上記のメリットについて解説していきます。

贈与税・相続税の全額猶予・免除

会社の株式を承継する際は高額な贈与税や相続税が発生しますが、現金化できない非上場株式では納税資金の調達が大きな負担となります。

事業承継税制なら、一定の要件を満たすことで100％の納税猶予が可能で、後継者から次の後継者へ承継されると猶予された税金が完全に免除されます。

このように、事業承継税制の全額猶予・免除によって、納税に悩まされず安心して事業を引き継いでいけます。

事業資金を有効に活用できる

事業承継税制を活用すれば、納税資金を事業への投資に回すことができます。

本来税金に充てる予定だった資金を、会社の成長に使えるからです。

近年は事業承継を機に、DX化を推進したり、新規事業を開始する後継者が多数います。

贈与税や相続税に資金を回さずに済むので、事業により多くの資金を回すことが可能になります。

業績が好調で株価が上昇している会社では、事業承継税制により大幅な税負担の軽減が期待でき、浮いた資金を設備投資や人材育成に活用できます。

このように、事業承継税制は、税負担を軽減し、後継者が事業資金を有効活用できる優れた制度です。

特例措置によって後継者を1人に限定する必要がなくなる

従来の一般措置では、一人の先代経営者から一人の後継者への承継のみが対象でしたが、特例措置においては親族外を含む複数の株主から、代表者である後継者（最大3人）への承継も対象になりました。

一人に自社株式を集中して引き継がせる必要がないため、贈与や相続の時点で不公平感が生じにくくなります。

特例措置を活用することで、親族内で株式が分散している中小企業でも、代表者以外からの承継が対象となります。

持ち株10％以上の後継経営者3人まで対象となるため、複数の後継者に事業を引き継ぐ際にトラブルになりにくい点がメリットです。

自社株対策に縛られない

事業承継税制を活用すれば、税負担を下げるために急いで自社株の評価額を下げる「自社株対策」に縛られる必要がなくなります。

事業承継税制を使えば、自社株にかかる贈与税や相続税が全額猶予・免除されるため、株価が高くても直接的な税負担を気にする必要がなくなるからです。

通常の事業承継では、少しでも税金を減らすために、先代へ役員退職金を支給して株価を下げるなどの対策に奔走しなければなりません。

しかし、承継までの期間が短いと十分な対策が間に合わないことがあります。

さらに、不適切な金額の退職金を出すと税務署から厳しい指摘を受けるリスクも存在するため注意が必要です。

制度を利用すれば、こうした無理な対策や手間を大幅に省くことが可能です。

税負担を理由とした廃業を防ぐことができる

事業承継税制は、優良な技術や顧客基盤を持っているにもかかわらず、税金が払えずに黒字廃業してしまうという最悪の事態を防いでくれます。

地方の伝統工芸品メーカーや、独自の特許技術を持つ町工場などを想像してみてください。

会社の業績は絶好調で将来性もあるのに、社長が急逝して相続が発生した途端、億単位の相続税が遺族にのしかかることがあります。

手元にそれだけの現金がなければ、泣く泣く会社を清算して資産を売却し、従業員を解雇して税金を払うしか道がありませんでした。

しかし、事業承継税制のおかげで、優良な企業が理不尽に潰れてしまうことを防ぎ、大切な従業員の雇用と地域経済の活力をしっかりと守り抜くことができます。

事業承継税制のデメリット

事業承継税制にはさまざまなデメリットがあります。

ここでは、事業承継税制を利用する際に注意すべき主なデメリットとその内容について解説します。

特例承継計画の策定・手続きに労力がかかる

事業承継税制の特例措置を受けるためには、特例承継計画の策定と手続きに多大な労力が必要になります。

特例承継計画では、株式を承継するまでの期間の事業計画や、後継者が株式を取得した後の5年間の経営計画を詳細に記載しなければなりません。

さらに、都道府県知事への提出前に認定経営革新等支援機関からの指導・助言を受ける必要があるため、手続きにも時間がかかってしまいます。

特例承継計画の策定・手続きは、事業承継税制の大きなデメリットの一つです。ゆとりを持って承継準備を始めるようにしましょう。

都道府県・税務署への定期的な報告義務がある

事業承継税制を利用すると、申告期限後5年間は毎年、都道府県庁・税務署に年次報告を提出する必要があります。

さらに6年目以降は3年に一度、税務署へ継続届出書を提出しなければなりません。

書類の作成には専門知識が必要で、多い場合には8種類以上の指定書類を提出する必要があります。

継続届出書の提出がない場合、事業承継税制は途中で取り消されてしまい、猶予されている税金の全額と利子税の納税が必要になります。

このように、定期的な報告義務は、経営者の負担となっています。

M&Aによる売却が困難になる

事業承継税制を利用すると、M&Aによる会社の売却が困難になります。

事業承継税制には認定取消事由があり、株式を譲渡した場合は適用が取り消されてしまいます。

取り消されると、猶予されていた贈与税・相続税の全額と利子税を納税する必要があります。

M&Aを実施すると株式の譲渡を行うことになるため、基本的に事業承継税制の適用期間中は実施できません。

たとえば、将来的に会社を売却したいと考えた場合を想定してみましょう。

通常であれば買い手を見つけて株式を譲渡すれば売却できますが、事業承継税制を適用していると、売却と同時に猶予されていた税金を納める必要があります。

売却価格が低い場合は、納税資金を確保できないリスクもあります。

「特例措置」には適用期限がある

特例措置を利用するためには、以下の2つの期限を守らなければなりません。

• 特例承継計画の提出期限：2026年（令和8年）3月31日まで（※税制改正により延長予定あり）
• 実際の贈与・相続の適用期限：2027年（令和9年）12月31日まで

もし期限を1日でも過ぎてしまうと特例は使えず、猶予割合が80％に下がり、対象株式数にも上限が設けられる「一般措置」しか利用できなくなります。

いつかやろうと先延ばしにしていると、有利な条件で会社を引き継ぐチャンスを逃してしまうため、早急な意思決定と行動が求められます。

取消事由に該当すると利子税を含めて納付する必要がある

納税猶予の期間中に定められたルールを破って「取消事由」に該当してしまった場合、免除されていた税金にペナルティの利息を上乗せして一括納付しなければなりません。

本制度はあくまで「事業を正しく継続すること」を担保に税金を待ってもらっている状態であり、約束を破ったことに対する厳しい罰則が用意されているためです。

これらの事態が発生すると、当初支払う予定だった数千万円の税金に加えて、年数に応じた「利子税」が加算され、会社の存続すら危ぶまれる深刻なダメージを受けます。

満たすべき要件が多く専門家のサポートが必要になる

事業承継税制は非常に複雑な制度であるため、経営者自身や自社の経理担当者だけで手続きを完結させるのは難しいです。

税法や会社法に関する高度な知識が求められるだけでなく、将来のビジネスプランを数値化して行政の厳しい審査をパスするレベルの書類を作成しなければならないからです。

事業承継税制を活用するためには、以下のような複数の専門家と連携してプロジェクトを進めることになります。

• 税理士：税額のシミュレーションや、複雑な特例措置の要件を満たしているかの判定を行います。
• 認定経営革新等の支援機関：行政に提出する特例承継計画の策定をサポートし、確認のサインを行います。
• 司法書士や弁護士：必要に応じて、株式の贈与契約書の作成や会社の定款変更手続きを担当します。

上記の専門家への相談費用やコンサルティング報酬として、数十万円から数百万円のコストが別途発生するケースも珍しくありません。

大規模な組織再編の足枷となる

将来的に会社を大きく成長させようとしたり、事業を整理したりする際の「組織再編（合併や会社分割など）」が非常にやりづらくなるという弊害があります。

組織再編を行うと会社の株式の構造や資産の状況が大きく変動するため、それが税務署から「猶予の取消事由（ルール違反）」と見なされる危険性が高いからです。

たとえば、以下のような経営戦略を実行しようとした際にトラブルになりがちです。

• グループ内の別会社と「合併」して経営の効率化を図ろうとしたところ、取消事由に該当することが判明して計画を断念した。
• 不採算部門だけを切り離すために「会社分割」を行おうとしたが、税制の要件を満たさなくなるため実行できなかった。

短期的な節税効果だけにとらわれず、将来5年後、10年後の会社のあり方や成長戦略まで見据えた上で、本当に制度を利用すべきかを判断する必要があります。

事業承継税制の申請手順

事業承継税制の申請は、特例承継計画の提出から始まり、認定申請、税務申告まで段階的に進める必要があります。

特例措置の場合、2026年3月31日までに特例承継計画を提出しなければならず、時間に余裕を持って準備することが重要です。

事業承継税制の申請手順を以下の表にまとめました。

段階	手続き内容	提出先	期限	主な書類
1	特例承継計画の作成・提出	都道府県知事	2026年3月31日まで	特例承継計画書、履歴事項全部証明書
2	代表者の交代	–	贈与前まで	–
3	株式の贈与・相続	–	計画に基づく	贈与契約書等
4	認定申請	都道府県庁	相続開始から8ヶ月以内	認定申請書、定款写し、株主名簿
5	税務申告	税務署	相続開始から10ヶ月以内	相続税申告書、認定書の写し
6	継続手続き	都道府県・税務署	年1回（5年間）	年次報告書、継続届出書

贈与の場合、まず認定経営革新等支援機関の助言を受けて特例承継計画を作成し、都道府県に提出します。

認定後に株式贈与を実行し、都道府県への認定申請を経て、税務署に贈与税申告を行います。

相続の場合も同様の流れですが、相続開始から8ヶ月以内の認定申請と10ヶ月以内の相続税申告が必要です。

事業承継税制の申請は複数の機関への手続きが必要で、期限も厳格に設定されています。

専門家のサポートを受けながら、早期から計画的に進めることが大切です。

事業承継税制の要否を見極めるための判断基準

事業承継税制を利用すべきかどうかは、自社の現状や将来のビジョンと照らし合わせ、慎重に見極める必要があります。

贈与税や相続税が全額猶予される非常に大きなメリットがある反面、将来の会社運営に関する厳しい制約などのデメリットも同時に抱え込むことになるからです。

たとえば、以下に該当するケースでは、後々のリスクやデメリットが上回る可能性が高いため、制度の利用はあまりおすすめできません。

一方で、これらのケースに当てはまらず、自社株の評価額がおおむね1億円を超えるような企業であれば、後継者の納税負担が極めて重くなるため、制度の適用を前向きに検討する価値があります。

目先の税負担を減らすことだけにとらわれず、会社全体の資産状況や一族の意向を総合的に検証し、本当に自社に合った選択をすることが重要です。

事業承継税制に関するよくある質問

事業承継税制についてよくある質問をまとめました。

事業承継税制の特例措置の適用期限はいつまでですか？

事業承継税制の特例措置の適用期限は、2027年（令和9年）12月31日までとなっています。

中小企業の事業承継を促進するために創設された制度であり、2018年1月1日から2027年12月31日までの間に贈与や相続によって会社の株式を取得した経営者が対象になります。

特例措置を利用するためには、まず2026年3月31日までに「特例承継計画」を都道府県に提出する必要があります。

計画提出後、2027年12月31日までに実際の贈与や相続を実行しなければなりません。

もし2026年3月に計画を提出した場合、実行期限まで1年9か月と限られた期間しか残されていないため、早めの準備が重要です。

事業承継を行う際、後継者にはどのような税金が課せられるのでしょうか？

税金として、生前贈与の場合は贈与税、相続の場合は相続税が発生します。

贈与税は1000万円以下で10％から、相続税も同様に累進税率となっています。

しかし、事業承継税制を活用すれば、これらの税金の納税猶予を受けられます。法人版では非上場株式の100％、個人版では事業用資産の100％が猶予対象となります。

事業承継税制の適用期限は延長される可能性がありますか？

適用期限が延長される可能性は極めて低く、現在の期限で終了する見込みです。

中小企業庁の発表によると、事業承継を集中的に進める観点から設けられた時限措置であり、税負担が生じない制度として「極めて異例」の扱いとなっています。

政府与党が繰り返し適用期限の延長を否定していることから、延長は無いと考えられます。

適用後の「取消事由」にはどのようなケースがありますか？

事業承継税制の適用を受けた後に、定められたルールから外れてしまうと、税金の猶予が打ち切られる「取消事由」に該当します。

代表的な取消事由として、主に以下の4つが挙げられます。

• 後継者が健康上の理由もないのに、自ら代表取締役を退任してしまうケース
• 自社株を他社へのM&Aなどで売却したり、親族以外の第三者へ譲渡したりする行為
• 会社が本来の事業をやめ、ペーパーカンパニーなどの資産管理会社になってしまう状態
• 都道府県や税務署に対する毎年の定期的な状況報告を、期限までに提出し忘れる

上記に一つでも当てはまると、猶予されていた税金に利息を上乗せして一括納付しなければなりません。

適用後も決して油断せず、専門家と連携しながら慎重にルールを守って会社を運営していくことが重要となります。

2代目から3代目へ事業を引き継ぐ際にも制度を利用できますか？

2代目から3代目へ事業を引き継ぐ際にも、事業承継税制は利用できます。

たとえば、1代目から2代目へ自社株を渡した際に猶予されていた贈与税や相続税は、2代目が3代目へ株式を贈与し、3代目が新たに事業承継税制の適用を受けた時点で全額免除となります。

また、2代目が亡くなり3代目が相続するケースでも、猶予されていた税金は免除される仕組みを持っています。

ただし、3代目への承継時に税金を猶予させるためには、3代目自身も「代表権を有していること」や「役員就任から一定期間が経過していること」などの適用要件を満たさなければなりません。

そのため、世代交代の計画段階から、都道府県知事の認定を受ける準備を進めていく必要があります。

事業承継税制は日本プロ経営者協会にご相談ください

事業承継税制の活用により税負担は軽減できますが、後継者の選定や育成、承継後の経営改善などの課題は残ります。

中小企業の半数以上が後継者不在という深刻な状況に直面している現在、事業承継の課題解決には専門的なサポートが不可欠です。

一般社団法人日本プロ経営者協会（JPCA）は、後継者問題や事業承継に悩む企業オーナー様をサポートするために設立されました。

JPCAは、プロ経営者の輩出とマッチングを通じて、企業の成長と持続的な発展を支援しています。

JPCAでは、経営人材の紹介やサーチファンド機能、経営コーチング、専門家ネットワークによる総合的な支援体制を整えており、後継者選定から資本の承継、経営改善までワンストップでご相談いただけます。

事業承継や後継者問題でお悩みの方は、ぜひ一度日本プロ経営者協会までご相談ください。

日本プロ経営者協会の概要
名称	一般社団法人日本プロ経営者協会
設立日	2019年7月
活動内容	プロ経営者によるセミナーの開催 企業への経営者の紹介 経営者に関する調査・研究 書籍の出版
代表理事	堀江 大介
所在地	東京都千代田区丸の内1-6-2 新丸の内センタービルディング21階
URL	https://www.proceo.jp/

まとめ

事業承継税制は、中小企業が次世代に事業を引き継ぐ際の相続税・贈与税の負担を軽減する重要な制度です。

現在利用可能な特例措置では、全株式を対象として贈与税・相続税の100％納税猶予が可能で、一定要件を満たすことで税負担を実質ゼロにできます。

事業承継を検討している経営者の方は、特例措置の期限が2027年12月31日までという点を踏まえ、早急に以下の行動を取ることをおすすめします。

まず、税理士などの専門家に相談し、自社が事業承継税制の要件を満たしているか確認してください。

その上で、認定経営革新等支援機関の助言を受けながら特例承継計画を策定し、2026年3月31日までに都道府県への提出を完了させましょう。